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La SEELE commence à s'inquiéter du comportement du commandant Ikari, et réclame sa démission. Celui-ci semble poursuivre ses propres objectifs, distincts de ceux de la SEELE, et utilise la NERV pour l'accomplissement de ses desseins. Ryoji Kaji se voit chargé d'effectuer une enquête à Kyoto, où Gendo perdit sa femme quelques années auparavant dans un tragique accident survenu lors des expériences qui amenèrent à la création des Evangelions. Kaji recherche également des informations sur l'Institut Mardurk, établissement chargé de repérer et former les "Children", les enfants montrant des dispositions pour le pilotage des Evangelions.
